Рекомендую очень удобную программу для нелинейной организации информации - персональный информационный менеджер PersonalBrain.

Достаточно давно искал такую программу с  помощью ее можно строить сложные связи, которые можно наглядно видеть на экране.

Это очень близко к составлению ментальных карт по методу психолога Тони Бьюзена, но отличается трехмерностью и динамичностью и напоминает созвездия на которые вы можете смотреть с разных сторон.

PersonalBrain — программа, предназначенная для создания и управления личной базой знаний. Сайт программы находится по адресу http://www.thebrain.com/

С помощью такое карты можно, например, шаг за шагом отследить как развивается какое то событие, проект постоить сеть личных контактов или свою родословную. Это очень удобное средство в тех случаях, когда необходимо собрать и структурировать информацию по какой-то теме написать доклад, реферат, статью.